L'écotoxicologie examine les relations entre les polluants et le milieu, telles que les voies de transfert ou de cheminement des polluants dans les écosystèmes, la biodégradation et la bioaccumulation des polluants. L’écotoxicologie a deux objectifs principaux : etudier les processus de contamination des milieux et evaluer les effets des polluants à l’égard de la structure et du fonctionnement des systèmes naturels. Elle utilise des techniques propres à la toxicologie qui étudie plus spécifiquement la toxicité en laboratoire d'une substance sur des organismes tests, mais également des organismes tests en plein champ (tests d'écotoxicité).